Некоторые природные враги капибар в естественной среде обитания:

• Наземные хищники: ягуары, оцелоты, дикие собаки. 5 Особенно серьёзную угрозу представляют стаи диких собак, особенно для детёнышей капибар. 5
• Водные хищники: анаконды, кайманы. 5 Хищные рептилии, живущие в водоёмах, могут легко напасть на капибару, когда она находится в воде. 5
• Воздушные хищники: гриф-урубу. 5 Крупные птицы, которые часто охотятся на детёнышей капибар. 5

Самой лёгкой добычей для хищников становятся молодые капибары, наибольшую опасность для которых представляют дикие собаки и хищные пернатые. 1