Природные условия обитания джунгарских хомячков включают степную и полупустынную зоны Западной Сибири, Средней и Центральной Азии, Северо-Восточного Казахстана. 14

В природе они населяют преимущественно ксерофитные злако-пустынные, полынные и лапчатковые степи без кустарников, встречаются в щебенистых степях и полузакреплённых песках, реже — на возделанных землях. 4

В естественных условиях джунгарские хомячки роют себе норы глубиной до 1 метра. 2 Жилище хомячка имеет несколько входов, разветвлённую систему тоннелей, отнорки и специальные гнездовые камеры для хранения запасов, куда грызун периодически складирует найденную пищу. 2

Зимой джунгарские хомячки облачаются в белую шубку. 2 Это позволяет в пустынной местности обезопасить себя от хищников: хомячок становится незаметным для врагов, зарывшись в снег. 2 Когда световой день становится длиннее, а температура окружающей среды увеличивается, джунгарик постепенно «перекрашивается» в привычную для себя шубку стандартной расцветки. 2