Некоторые природные ресурсы, которые находятся на территории Кунаширского пролива:

• Водоросли. 34 В акватории Кунашира есть запасы ламинариевых водорослей, которые могут составлять около 30 тысяч тонн. 3
• Моллюски. 4 В Южно-Курильской зоне, в том числе в Кунаширском проливе, встречается приморский гребешок, скопления которого имеют значение для промысла. 4
• Рыбы. 5 В проливе осуществляют промысел таких видов, как минтай, треска, камбалы, южный однопёрый терпуг, тихоокеанские лососи и другие морские рыбы. 5
• Анфельция. 4 В Южно-Курильской зоне промысловым является один вид анфельции — Ahnfeltia tobuchiensis. 4

Кроме того, на острове Кунашир, который находится в акватории пролива, есть горячие источники вулканического происхождения, реки и озёра, а также леса, в которых встречаются уникальные виды растений и животных. 12