Некоторые природные ресурсы, которые могут быть найдены в Костомукшском заповеднике:

• Почвы. Представлены торфяно-глеевыми и торфяными почвами (верхового, переходного и низинного типов). 2 Под луговыми сообществами распространены подзолисто-глеевые или дерново-подзолисто-глеевые почвы, иногда они оторфованы. 2
• Гидрологическая сеть. Включает многочисленные озёра (более 250), реки, ручьи и болота. 3 Наиболее крупное озеро — Каменное, площадью 95,5 км² (около 20% площади заповедника), на котором расположены 98 островов общей площадью около 10 км². 3 Из озера берёт начало река Каменная. 3
• Леса. Занимают более 80% суши заповедника. 3 Более 80% лесов в заповеднике составляют разреженные сосняки, 16% — ельники, и совсем немного березняков и осинников. 3
• Флора. Флора заповедника насчитывает 184 вида грибов, 143 вида лишайников, 159 видов мхов, 408 видов сосудистых растений. 3 Из видов, внесённых в Красную книгу РФ, в заповеднике произрастают лобелия Дортмана, пальчатокоренник Траунштейнера, полушники щетинистый и озёрный. 3
• Фауна. Фауна заповедника типично таёжная: позвоночные животные представлены здесь 216 видами: 160 видов птиц, 37 — млекопитающих, 15 — рыб и круглоротых, 3 — земноводных и 1 — пресмыкающихся. 3 Основное разнообразие рыб (12 видов) отмечено в озере Каменное, в их числе озёрный лосось, сиг, ряпушка, щука, плотва, язь. 3