На солёность восточной части озера Балхаш влияют следующие природные процессы:

• Испарение. 12 Восточная часть озера находится в окружении пустынь, где вода сильно испаряется, что приводит к высокой концентрации соли. 12
• Слабое перемешивание воды. 2 Восточная и западная части озера разделены узким проливом Узынарал, из-за чего вода почти не смешивается. 24 Пресная вода, которая легче солёной, перетекает в восточную часть, где испаряется, а солёная не может перетечь в западную часть, так как находится ниже глубины пролива. 2
• Влияние притоков. 5 В восточную часть озера впадают реки Каратал, Аксу, Лепсы, кроме того, озеро подпитывается грунтовыми водами. 5

Ещё одной причиной засолености воды в Балхаше стало увеличение забора воды из реки Или на разные нужды. 4