Три природных озера Северной Македонии считаются крупными: Охридское, Преспа и Дойран. 15
Охридское озеро — самое древнее и глубокое на Балканском полуострове. 2 Площадь — 348 км², глубина — до 286 м. 2
Озеро Преспа — название двух пресноводных озёр: Преспа и Микра-Преспа. 5 Площадь поверхности — 273 км². 5
Дойранское озеро — озеро тектонического происхождения площадью 43,1 км². 5 Находится на границе Северной Македонии и Греции. 5