Некоторые природные особенности реки Томь, влияющие на её режим и уровень воды:

• Смешанный характер питания. 14 Доля снегового стока составляет 60–65%, дождевого — около 20%, грунтового — 10–20%. 4
• Разнообразие рельефа. 4 Верховья реки имеют преимущественно горный характер: порожисты, с узкой долиной, крутыми и высокими берегами. 4 Ниже впадения реки Усы долина Томи расширяется, пойма местами достигает 2–3 км. 4
• Неравномерное распределение осадков. 4 В связи с большим разнообразием рельефа осадки распределяются крайне неравномерно и колеблются за год в больших пределах: от 400 до 900 мм. 4 Наибольшее количество осадков выпадает в горных районах — до 1000–1400 мм. 4
• Образование ледовых заторов и зажоров. 5 Для нижнего течения Томи характерно образование этих явлений, что приводит к мощным наводнениям с подъёмом уровней воды до 8–9 м. 5
• Меридиональная направленность. 5 Значительная часть реки имеет такую направленность, что в условиях широтного изменения температуры воздуха (увеличение с севера на юг) обусловливает более ранние сроки вскрытия ледового покрова на юге. 5