Некоторые природные особенности Токийского залива, которые отличают его от других заливов Тихого океана:

• Узкие берега пролива Урага. 1 Из-за этого процент морской воды из океана, который смешивается с речными водами в северной части залива, невысок. 1 Это часто приводит к цветению вод. 1 В южной части залива, напротив, вода под влиянием тёплого течения Куросио имеет солёную среду, которая служит местом обитания южных рыб и кораллов. 1
• Большое количество ночесветок. 3 Днём вода выглядит тёмно-коричневой из-за этих простейших организмов, а ночью залив начинает переливаться огнями и вспышками, так как ночесветки светятся при малейшем механическом раздражении. 3
• Наличие единственного естественного острова. 1 Им является остров Сару («Обезьяний остров»). 1