Некоторые природные особенности региона Ботнического залива:

• Изрезанность берегов. 1 Вдоль них расположено множество островов и шхер. 12 Крупнейшие острова: Аланд, Хайлуото, Реплот и Эугму в Финляндии и Гресё, Хертсён и Хольмён в Швеции. 12
• Низкая солёность воды. 12 Это связано с большим поступлением пресных вод (181 км³ в год). 13 Солёность на севере залива составляет 1–3 ‰, на юге — 4–5 ‰. 13
• Ледостав. 1 Залив покрыт льдом с ноября до начала июля. 13
• Асимметричность. 4 На финской стороне залив имеет более плавный и мелководный уклон дна, на шведской — более глубокий, с крутым и изрезанным берегом. 4
• Климат. 4 Прибрежные районы Ботнического залива находятся на границе между влажным континентальным и субарктическим климатом. 4
• Постледниковый подъём земной коры. 12 В районе залива, в особенности в его центральной части, наблюдается этот эффект, в результате чего море отступает и из воды появляются новые шхеры. 12