Некоторые природные особенности, которые отличают Гиндукуш от других горных систем Азии:

• Высокий уровень сейсмичности. 1 Землетрясения силой 5–6 баллов обычно кратковременны, но разрушительны. 1
• Глубокие долины, изломанные хребты, остроконечные вершины. 2 Для Гиндукуша характерно сочетание системы поверхностей выравнивания с крутыми склонами, прорезанными глубокими ущельями, и отдельными, резко очерченными гребнями. 4
• Малое количество осадков. 2 В долинах годовая норма не превышает 600 мм. 2 На высокогорье северо-востока гималайские муссоны приносят до 1300 мм влаги в виде снега. 2
• Большие сезонные перепады температур. 2 Летом в широких речных долинах воздух нагревается до +30 °C. 2 Но на вершинах хребтов летние плюсовые температуры редко переходят двадцатиградусную отметку. 2 Зимние температуры в нижних долинах можно усреднить до -4 °C. 2 На высокогорье нередки морозы, достигающие -25 °С (на вершинах до -45 °С). 2
• Типичные ландшафты — горные полупустыни с колючими кустарниками и сухие степи. 1 На юго-восточных склонах есть участки листопадных широколиственных и хвойных лесов. 1 На высоких плоскогорьях сформировались ландшафты холодных пустынь. 1
• Разнообразие полезных ископаемых. 1 На севере Гиндукуша известны месторождения каменного угля, в хребте Баба находится месторождение Хаджигек с высокосортными железными рудами. 1 Бадахшан известен залежами золотых руд, лазурита, барита, серы, графита, есть целестин и тальк. 1