Некоторые природные особенности Ботнического залива, которые отличают его от других морских заливов:

• Форма: залив вытянут в меридиональном направлении, его длина — 668 км, максимальная ширина — 240 км. 12 В средней части есть сужение до 75 км (пролив Норра-Кваркен). 12
• Берега изрезаны, вдоль них расположено множество островов и шхер. 12 Крупнейшие острова: Аланд (на границе), Хайлуото, Реплот и Эугму в Финляндии и Гресё, Хертсён и Хольмён в Швеции. 12
• Солёность: значительно падает с юга на север. 1 В южной части соответствует солёности Балтийского моря, в северной — столь низка, что не различается на вкус, и там живут многие пресноводные рыбы. 1
• Ледостав: с ноября до начала июля. 13
• Течение: на поверхности — против часовой стрелки, на глубине — движение воды из Балтийского моря в сторону Ботнического залива. 12
• Подъём суши: в районе залива, в особенности в его центральной части, наблюдается один из наиболее значительных на Земле эффектов постледникового подъёма земной коры, в результате чего море отступает и из воды появляются новые шхеры. 12