Некоторые природные особенности Заонежья, которые делают его уникальным местом в Карелии:

• Разнообразие ландшафтов, форм рельефа, растительного и животного мира. 2 На равнинных территориях произрастают сосновые боры, для береговой зоны характерны обширные песчаные пляжи, косы и уютные губы-заливы. 2
• Наличие уникальных шунгитовых пород. 1 Они не встречаются больше нигде в мире и образовали нехарактерные для Карелии высокоплодородные почвы, получившие название «кижские чернозёмы». 1
• Своеобразный растительный покров. 1 Район расположен в зоне зеленомошных хвойных лесов, но в его пределах преобладают смешанные и лиственные древостои. 1 Основными лесообразующими породами являются берёза, осина, серая ольха, ель, сосна, на отдельных участках и островах — липа, вяз, чёрная ольха. 1
• Сохранение реликтов прошлого. 1 Например, гвоздики песчаной, тимьяна ползучего и других травянистых растений, которые сохранились с периода, когда климат соответствовал зоне лесостепей и степей. 1
• Движение земной коры. 1 Северная часть Заонежья на миллиметры в год поднимается, а южная, включая южную оконечность полуострова, опускается. 1