Некоторые природные особенности, которые делают реку Кагера значимой для региона:

• Исток Нила. 14 Река берёт начало в Бурунди и протекает по территории Руанды, Танзании и Уганды, а также частично по границам между ними. 1
• Широкая заболоченная долина. 14 Кагера течёт на север в этой долине, принимая воды многочисленных небольших озёр. 1
• Крупнейшая из впадающих в озеро Виктория рек. 1 Рядом с населённым пунктом Кагитумба Кагера поворачивает на восток и впадает в озеро Виктория в 40 км к северу от Букобы. 1
• Наличие водопада Русумо в верхнем течении. 1 В нижнем течении река судоходна, единственный порт Куака (Танзания) обслуживает суда небольшой осадки. 1
• Организация национального парка Кагера на заболоченных низинах среднего течения. 1 Парк создан для охраны фауны травянистых саванн, в том числе львов, леопардов, буйволов, зебр, бегемотов и других животных. 4