Некоторые природные особенности, которые делают озеро Чаны уникальным в Западной Сибири:

• Солоноватость воды. 13 Степень минерализации различается в разных частях озера: Малые Чаны практически пресные, Большие солоноватые, а Яркуль — самый солёный. 3
• Обилие плёсов, соединённых мелкими протоками. 1 Это целая экосистема, которая различается минерализацией, глубиной и биологическим разнообразием. 1
• Большое количество островов и полуостровов. 3 Островов около 70, некоторые из них являются памятниками природы Новосибирской области. 3 Характерная особенность — большинство из них протянуты с юго-запада на северо-восток. 3
• Глинистое дно. 2 Оно придаёт воде необычный бирюзово-зеленоватый оттенок. 2