Некоторые природные особенности, которые делают Индигирку значимым объектом для научных исследований:

• Неоднородность рельефа и геологического строения. 1 Территория бассейна реки весьма неоднородна, что сформировано плоскогорьями и плато, переходящими в горные хребты, наряду с ними здесь распространены низменные плоские равнины. 2
• Формирование речной сети под влиянием своеобразных природных условий. 1 Ископаемый лёд и бугры пучения на равнинах обусловили появление меандр с резкими поворотами, а наледи в горах — образование наледной многорукавности. 1
• Широкое распространение термокарстовых озёр. 2 Они развиваются в экстремальных условиях и вызывают повышенный интерес со стороны научного сообщества. 2
• Суровый резко континентальный климат и расположение в области криолитозоны. 3 Ведущими факторами устойчивости природных комплексов являются мерзлотные процессы: льдистость поверхностных отложений, температура мерзлых пород и мощность сезонно-талого и сезонно-мерзлого слоёв. 3
• Уязвимость экосистемы к техногенным воздействиям. 35 Бассейн реки характеризуется слабой устойчивостью геосистем к любым видам техногенных воздействий и низкой восстановительной способностью их компонентов. 35