Некоторые природные особенности Ханского озера, которые делают его уникальным водоёмом:

• Лагунное происхождение. 2 Ранее озеро было заливом Азовского моря и соединялось с Бейсугским лиманом, но со временем волновая деятельность моря образовала вал из песка и ракушечника, который отделил озеро от лимана. 2
• Форма и расположение на двух платформах. 3 Восточная часть озера относится к Приазовской тектонической депрессии, западная — расположена на платформе Кубанской равнины. 2
• Группа островов без постоянной конфигурации. 2 Форма, площадь островов, а зачастую и их количество меняются под воздействием волновых явлений и в связи с изменением уровня водоёма. 2
• Высокая солёность воды. 2 Летом в результате испарения площадь озера сокращается, а вода в нём становится в 12 раз солонее, чем в Азовском море. 2
• Пересыхание. 2 В засушливые годы озеро пересыхает полностью, обнажая соляное дно. 2
• Лечебные грязи. 24 Одним из богатств Ханского озера является лечебная грязь, состоящая из сульфатов, карбонатов и хлоридов натрия, кальция, магния. 2
• Разнообразие фауны. 3 На территории угодья встречается более половины видов птиц, зарегистрированных на территории края. 2 На островах озера расположены одни из самых крупных на Северном Кавказе колониальных поселений кудрявого пеликана, черноголового хохотуна, чегравы, большого баклана. 2