В состав особо охраняемых природных территорий (ООПТ) Санкт-Петербурга входят различные природные комплексы: 5

• Памятник природы «Комаровский берег». 1 Участок типичных для Карельского перешейка таёжных ландшафтов, сохранившийся среди интенсивной дачной застройки. 1 На территории представлены песчаные пляжи, невысокие дюны, черноольшатники, еловые и елово-сосновые леса. 1
• Государственный природный заказник «Западный Котлин». 2 Занимает всю северо-западную оконечность острова Котлин. 2 Природные комплексы заказника представлены черноольховыми и молодыми осиновыми лесами, разреженными ивняками на береговых валах и приморскими травянистыми сообществами на песчаных побережьях. 2
• Государственный природный заказник «Северное побережье Невской губы». 2 Необычный для Санкт-Петербурга и его окрестностей лесной массив со значительным участием широколиственных древесных пород, в том числе старовозрастных дубов и естественного дубового подроста. 2 Прилегающая к заказнику акватория — одно из наиболее значительных мест сезонных стоянок перелётных птиц в Невской губе. 2
• Государственный природный заказник «Юнтоловский». 24 Заказник занимает большую часть Лахтинского болота и акваторию залива Лахтинский Разлив. 2 На территории заказника представлены типичные приморские ландшафты, до основания Петербурга занимавшие значительные площади в прибрежной части Невской губы. 2