Некоторые природные комплексы Южно-Уральского заповедника:

• Леса. 23 Они покрывают 89% территории и представляют собой смесь светло-хвойных и лиственных пород. 2 Среди деревьев преобладают ель, пихта, берёза, осина, сосна. 1
• Зона горной тундры. 2 Выше 1200 метров находится это сообщество кустарниково-моховых растений. 2
• Реки. 12 По территории заповедника текут Большой и Малый Инзер, Тюльма, Юрюзань. 1
• Болота. 3 На территории заповедника есть несколько небольших болот. 2

Некоторые виды животных, которых можно встретить в Южно-Уральском заповеднике:

• Млекопитающие: заяц-беляк, белка, лось, косуля, кабан, медведь, волк, рысь. 1
• Птицы: рябчики, глухари и тетерева. 3 Реже можно увидеть болотных и водных птиц. 3
• На реках: бобры. 1