Некоторые природные достопримечательности, связанные с рекой Преголя:

• Острова. 15 В районе посёлка Озёрки Преголя разделяется на два параллельных русла — Новую Преголю (северное русло) и Старую Преголю (южное русло). 15 Во многих местах эти русла соединяются протоками, в результате образуется множество островов, в основном заболоченных, поросших камышом и тростником. 5 В черте Калининграда находятся два острова — Октябрьский (быв. Ломзе), крупнейший из островов, и остров Канта (быв. Кнайпхоф), ближайший к устью. 5
• Озёра-старицы. 1 В пойме Преголи расположено несколько озёр-стариц, самые крупные из них — Воронье и Пустое в районе Озёрков. 1
• Остров Коссе. 4 Песчаный и заросший камышом остров, который находится прямо посередине реки и служит домом для водоплавающих птиц. 4