Расположение Балтийской таможни в пассажирском порту Санкт-Петербурга даёт следующие преимущества:

• Удобство для оформления и контроля пассажиров и багажа. 1 В порту созданы все необходимые условия для этого, залы прибытия и убытия оборудованы современными техническими средствами таможенного контроля. 1
• Возможность работать с круизными судами. 1 Круизное судоходство в Большом морском порту Санкт-Петербург — одна из важнейших отраслей туристического бизнеса города. 1
• Сокращение сроков совершения таможенных операций. 2 Высокая техническая оснащённость таможни и применение новейших технологий таможенного оформления позволяют сократить время нахождения товаров в морском порту. 2
• Увеличение товаропотока и собираемости таможенных платежей. 2 Применение технологии «сухого порта» при перемещении товаров на удалённый склад временного хранения сокращает временные затраты и финансовые издержки участников ВЭД. 2