Ловля с лодки может оказывать негативное воздействие на экосистему водоёма, в частности, по следующим причинам:

• Гибель водных организмов. 2 Перепад давления, возникающий при прохождении планктонных организмов через вододвижители плавсредств, приводит к их гибели. 2 На больших скоростях гибнут личинки и мальки рыб, особенно на мелководье. 2
• Загрязнение водоёма. 2 В воду попадают нефтепродукты, выхлопные газы, содержимое биотуалетов и моющие средства. 2
• Шум. 12 Шум, издаваемый моторными судами, нарушает естественные циклы кормления и миграции рыб, водоплавающих птиц и других животных. 2
• Образование волн. 2 Внезапное появление плавсредств, вызывающих высокую и резкую волну, может выбрасывать личинок рыб на пологие берега и прибрежную растительность, где они погибают от осушения. 2
• Размыв берегов. 2 Образующиеся в результате движения лодок волны способствуют дополнительному размыву берегов, что приводит к заилению прибрежных участков. 2

Чтобы минимизировать вред для экосистемы, рекомендуется соблюдать нормы вылова, установленные местными властями, использовать экологически чистые снасти, отказываться от ловли в период нереста и практиковать «поймал-отпустил». 4