Некоторые особенности водного режима озера Селигер, которые делают его важным природным ресурсом:

• Медленный подъём уровня весной. 1 Он начинается ещё при ледоставе, максимум достигается во второй половине апреля. 1
• Медленный спад уровня. 1 Он растягивается до осени, в октябре наблюдается незначительный подъём, вызванный осенними паводками на реках. 1 Самые низкие уровни отмечаются в конце зимы. 1
• Большое значение грунтовых вод в питании озера. 1 Они составляют 80% общего притока воды в маловодные годы и 16% — в многоводные. 1 Хорошая проницаемость почв, наличие озёр и болотистых территорий на водосборе Селигера обеспечивают обильные запасы грунтовых вод и создают условия для равномерного распределения стока в течение года. 1
• Прозрачность воды. 24 Она достигает 5 метров, что делает озеро ценным за чистоту и прозрачность. 4