Некоторые особенности речной системы Индигирки, которые делают её уникальной:

• Глубокий врез в горных районах. 3 На отдельных участках долины рек имеют глубину 600–1000 м и больше, на плато и возвышенных равнинах — 150–300 м. 3
• Большое количество террас. 3 В долинах горных рек наблюдается большое количество террас высотой от 5 до 500 м. 3
• Образование гигантских наледей. 25 Бассейн Индигирки расположен в области развития многолетнемёрзлых горных пород, в связи с чем для её рек характерно образование наледей. 25
• Наличие прямых длинных плёсов. 14 На Яно-Индигирской низменности для реки характерны прямые, длинные плёсы шириной 350–500 м. 1
• Крупная дельта. 13 Дельта Индигирки — одна из крупных речных дельт на севере Сибири с общей площадью 9,64 тыс. км². 3