Некоторые особенности природы заповедника Ньяса, которые делают его уникальным:

• Разнообразный прибрежный рельеф. 1 Он включает равнины и пляжи, а также горы, опускающиеся прямо в воду озера. 1
• Полтора десятка местных рек, которые впадают в озеро и подпитывают его пресной водой. 1
• Разнообразная экосистема. 2 В озере обитает от 500 до 1000 видов рыб, в том числе много эндемичных. 23 Особенно много рыб семейства цихловых — около 400 их видов, или 30% известных представителей данного семейства. 3
• Наличие большого числа крокодилов. 2 В зонах, где в озеро впадают реки, их всё ещё очень много, поэтому дикий туризм рекомендуется только в составе организованных групп. 4
• Растительность включает 191 вид деревьев и кустарников. 2 Половину заповедника занимает лес миомбо, остальная часть представляет собой открытую саванну с заболоченными участками. 2