Подводный мир северных и южных районов Японского моря сильно отличается. 23 Некоторые особенности:

• Северные и северо-западные районы. 2 В этих холодных районах сформировалась флора и фауна умеренных широт. 2 Здесь можно встретить, например, вертикальные стены, поросшие актиниями, и сады из бурых водорослей — ламинарий. 23
• Южная часть моря, к югу от Владивостока. 23 В этом регионе преобладает тепловодный фаунистический комплекс. 23 Здесь можно увидеть осьминогов и кальмаров — типичных представителей тёплых морей. 23
• У берегов Дальнего Востока. 2 Здесь происходит смешение тепловодной и умеренной фауны. 2 Можно встретить, например, морских звёзд и морских ежей различной окраски и размеров, офиур, креветок, небольших крабов. 23

Ещё одна особенность глубоководной фауны Японского моря — отсутствие типичных для Охотского и Берингова морей абиссальных представителей, таких как стеклянные губки, глубоководные голотурии, глубоководные светящиеся рыбы. 1