Некоторые особенности навигации по реке Яна, которые делают её важным транспортным коридором:

• Короткая навигация (3,5–4 месяца). 1
• Каменистое и порожистое строение верхнего участка реки. 1
• Обилие перекатов. 1
• Крайне неравномерный сток воды. 1

Эти особенности требуют от судоводителей особых навыков и умений. 1

От навигации на Яне зависит обеспечение жизнедеятельности северных районов. 2 По реке перевозят топливно-энергетические ресурсы и социально значимые товары, например уголь, нефтепродукты, пиломатериалы, стройматериалы. 1

Наиболее сложными для судоходства считаются участки реки от Батагая до Усть-Куйги, а особенно — между посёлками Усть-Куйга и Сайды. 2 В извилистом русле реки множество островов и галечных осередков, которые делят её на протоки и проточки. 2 Судовой ход часто изменяет своё местоположение, в меженный период глубина может снизиться до метра. 2