Некоторые особенности автобуса №39Э в Санкт-Петербурге:

• Сокращённый маршрут. 1 Автобус следует по сокращённому маршруту, делая остановки только на конечных пунктах: станция метро «Московская» и аэропорт Пулково. 1 Благодаря этому время в пути сокращается до 15–18 минут. 1
• Меньшая частота рейсов. 1 Интервал движения автобусов №39Э составляет 13–20 минут, что может быть не всегда удобно. 1
• Стоимость проезда. 1 Проезд на экспресс-маршруте может быть немного дороже, чем на обычном автобусе №39. 1
• Наличие удобств в автобусе. 3 В нём расположены стеллажи для багажа, принтеры для печати посадочных талонов на рейс, а также табло вылета и прилета. 3