Популяции колибри-пчёлки угрожают, в частности, следующие опасности:

• Разрушение среды обитания. 4 Колибри-пчёлки нуждаются в лесистых областях, которые с каждым годом уменьшаются из-за вырубки деревьев. 3
• Хищничество. 2 Маленькие птицы подвергаются нападению со стороны тропических пауков, лягушек, рыб и более крупных птиц. 2
• Изменение климата. 1 Повышение температуры, изменение характера выпадения осадков и экстремальные погодные явления могут нарушить сроки цветения и миграции растений, что влияет на доступность нектара. 1
• Использование пестицидов и гербицидов. 1 Эти химические вещества могут нанести прямой вред колибри или косвенно, уменьшая численность их пищевых растений и нарушая жизненный цикл. 1

Колибри-пчёлка занесена в список видов, находящихся на грани исчезновения. 2