Ограничения в водоохранных зонах морей установлены Водным кодексом Российской Федерации (ВК РФ). 3 Некоторые из них:

• Запрет на использование сточных вод для регулирования плодородия почв. 1
• Запрет на размещение кладбищ, скотомогильников, объектов размещения отходов производства и потребления, химических, взрывчатых, токсичных, отравляющих и ядовитых веществ, пунктов захоронения радиоактивных отходов. 12
• Запрет на осуществление авиационных мер по борьбе с вредными организмами. 1
• Запрет на движение и стоянку транспортных средств (кроме специальных транспортных средств), за исключением их движения по дорогам и стоянки на дорогах и в специально оборудованных местах, имеющих твёрдое покрытие. 12
• Запрет на строительство и реконструкцию автозаправочных станций, складов горюче-смазочных материалов, станций технического обслуживания, используемых для технического осмотра и ремонта транспортных средств, осуществление мойки транспортных средств. 12
• Запрет на хранение пестицидов и агрохимикатов (за исключением хранения агрохимикатов в специализированных хранилищах на территориях морских портов за пределами границ прибрежных защитных полос), применение пестицидов и агрохимикатов. 1
• Запрет на сброс сточных, в том числе дренажных, вод. 1
• Запрет на разведку и добычу общераспространённых полезных ископаемых. 1

В границах водоохранных зон допускаются проектирование и строительство хозяйственных объектов при условии их оборудования сооружениями, обеспечивающими охрану водных объектов. 1 Под этими сооружениями понимаются централизованные системы канализации, ливневые системы водоотведения и т. п.. 1