Несколько методов, которые можно использовать для защиты данных при установке Linux с флешки:

• Шифрование диска. 12 Почти все популярные дистрибутивы позволяют зашифровать жёсткий диск на этапе установки операционной системы. 1 Это делает извлечение данных с диска почти невозможной задачей (при достаточно длинном пароле). 1 Чтобы минимизировать падение производительности, можно зашифровать только раздел, на котором находятся данные, а саму систему оставить незашифрованной. 1
• Установка пароля на BIOS. 1 Это убережёт от тех, кто попытается загрузиться с флешки, чтобы прочитать диск из другой операционной системы. 1
• Использование систем EncFS и CryFS. 1 Они создают зашифрованную виртуальную файловую систему поверх основной. 1 С их помощью можно зашифровать любой отдельно взятый каталог. 1

Выбор метода зависит от личных предпочтений и возможностей пользователя.