Ключевое отличие работы на должности и работы в должности заключается в употреблении предлогов:
Таким образом, работа на должности относится к приёму на работу, а работа в должности — к исполнению трудовых обязанностей в конкретной должности. 12
Также стоит отметить, что работа в должности не даёт работникам права на компенсации или льготы, а также не устанавливает каких-либо ограничений для исполнения трудовых обязанностей. 3
Таким образом, выбор между этими терминами зависит от конкретной ситуации и описания трудовой деятельности.