На формирование Телецкого озера повлияли разные геологические процессы, и учёные расходятся во мнениях. 2
В. А. Обручев, С. А. Яковлев, А. М. Кузьмин и В. П. Нехорошев считают, что озеро образовалось в результате тектонических перемещений по двум направлениям — широтному и меридиональному. 2 По их мнению, участок земной коры опустился под влиянием горообразовательных сил, и озеро заняло образовавшийся провал. 2
И. Г. Гранэ, а также Н. Л. Бубличенко и их последователи относят образование озёрной котловины за счёт ледниковой деятельности. 2 И. Г. Гранэ считает долину Телецкого озера трогом, который образован выпаривающей деятельностью ледника, путём расширения и углубления бывшей речной долины. 2
А. Л. Будников связал формирование Телецкого озера с разрушительной деятельностью дилювиальных потоков. 1 По его мнению, котловина озера сформировалась в результате прохождения мощного паводка со стороны Юго-Восточного Алтая. 1
По последним данным, формирование впадины Телецкого озера связано с древними и молодыми геологическими структурами обеих горных систем — Горного Алтая и Западного Саяна. 34