Некоторые геологические особенности Онежского озера, которые делают его важным природным объектом:

• Сложное геологическое строение побережья. 1 Северная часть озера находится в пределах Балтийского кристаллического щита и сложена архейскими и протерозойскими породами. 1 Северо-западные, северные и северо-восточные берега сложены карбонатными и глинисто-песчанико-карбонатными породами среднего протерозоя и метаморфизованными эффузивами, туфами, туфо-песчаниками и кварцитами. 1 Южнее Петрозаводска породы сменяются на кварцевые песчаники, песчано-глинистые сланцы и слюдистые песчаники. 1 Южное побережье расположено на Восточно-Европейской платформе. 1 Здесь под слоем осадочных пород палеозоя, которые представлены кембрийскими синими глинами с прослоями песчаников и алевролитов, погребён древний фундамент. 1
• Наличие древнейших и молодых геологических образований. 2 На побережье Онежского озера развиты древнейшие геологические образования, возраст которых исчисляется миллиардами лет (архейские и протерозойские породы), и молодые четвертичные отложения, которым не более одного миллиона лет. 2 Только в самой южной части побережья между этими разновозрастными группами геологических образований залегают промежуточные по возрасту породы палеозойской эры. 2