Некоторые экологические угрозы для популяции муксуна в сибирских водоёмах:

• Бесконтрольный промысел. 1 В 1990-е годы браконьеры почти полностью вылавливали рыбу в зимовальных ямах Обской губы. 1
• Уничтожение нерестилищ. 3 Например, выемка грунта со дна нерестовых рек для строительства дорог. 3
• Загрязнение водоёмов. 4 В том числе нефтепродуктами. 4
• Аномалии водного бассейна. 4 Они вызывают гибель муксуна из-за нехватки кислорода, снижают основные биологические показатели: численность и массу рыбы. 4
• Шумовое и электромагнитное воздействие. 4

Кроме того, главная угроза существования муксуна, по мнению учёных, исходит от уничтожения экосистемы Обской губы. 2

Для сохранения популяции муксуна необходимы природоохранные мероприятия, в том числе установка кордонов на нерестовых реках и регулирование вылова не квотами, а временем, местом и орудиями лова. 2