Некоторые экологические риски, связанные с проведением мелиоративных работ:

• Снижение продуктивности сельскохозяйственных угодий в зонах прямого влияния мелиоративных систем. 4
• Сработка торфа и активная минерализация почв в пределах самих систем. 4
• Возникновение дефляционных и эрозионных процессов. 4
• Обмеление рек и одновременно увеличение опасности наводнений. 4
• Ухудшение водного режима прилегающих к системам территорий, понижение уровня грунтовых вод, в том числе в колодцах. 4
• Воздействие на фауну, в первую очередь, уменьшение рыбозапасов в водоприёмниках. 4
• Воздействие на флору — исчезновение многих видов редких растений, в первую очередь болотных и влажных местообитаний. 4
• Ухудшение эстетической и рекреационной привлекательности ландшафта. 4

Также к экологическим рискам можно отнести загрязнение воздуха из-за использования химических препаратов для увеличения урожайности сельскохозяйственных культур на мелиоративных землях. 1