При использовании индексов загрязнения водоёмов выявляются следующие экологические проблемы:

• Изменение видовой структуры организмов. 3 По мере повышения уровня загрязнённости вод происходит отмирание индикаторных таксонов, достигших предела толерантности. 3
• Нарушение процессов роста и размножения. 1 В результате исчезают одни, более чувствительные виды, резко падает численность других. 1
• Изменение биологической продуктивности водоёма. 1 Возможно уменьшение самоочищающей способности водоёма. 1
• Эвтрофикация. 14 В таких водоёмах чаще всего доминируют тростник, рогоз, камыш, элодея, роголистник, рдесты и другие растения. 1 Экосистема утрачивает многие виды, упрощается и становится неустойчивой. 1