Некоторые экологические проблемы, которые возникли при создании Зейского водохранилища:

• Затопление территорий. 1 Подпёртые плотиной воды затопили полностью или частично пашни, сенокосы, леса, населённые пункты, промышленные предприятия, дороги, линии электропередачи и связи. 1
• Изменение гидрологического режима. 1 В прибрежной полосе меняется уровень грунтовых вод, что приводит к заболачиванию местности и исключает использование этой местности в качестве сельскохозяйственных угодий. 2
• Ухудшение рыбохозяйственных условий. 1 Плотина ГЭС построена без рыбоподъёмников, в результате преграждён естественный путь прохода рыбы на нерестилища. 1 После строительства Зейской ГЭС состав ихтиофауны сократился с 38 до 26 видов. 1
• Изменение гидрохимического состава воды. 1 Качество воды в водохранилище формируется за счёт боковой приточности, затопленной органики (древесина, торф, гумус почвы и др.) в ложе, а также хозяйственно-бытовых и промышленных стоков. 1
• Сокращение числа млекопитающих. 1 При создании Зейского водохранилища число млекопитающих, постоянно обитающих на его побережье, сократилось на 10 видов. 1