Некоторые экологические проблемы, возникшие из-за создания Воронежского водохранилища:

• Неконтролируемый сброс сточных вод. 4 При строительстве водохранилища не успели построить очистные сооружения предприятий. 4 Кроме того, граждане самостоятельно врезали локальную канализацию к системе ливневой канализации, из-за чего в водоём попадали фекалии с мочой. 4
• Недостаточное углубление ложа. 4 Из-за мелководья и плохого водообмена в водохранилище расплодились водоросли. 4
• Загрязнение тяжёлыми металлами. 2 В воде водохранилища и грунтовых вод на водозаборных участках отмечались различные виды загрязнения, среди которых особо выделяются тяжёлые металлы (железо, марганец, хром, медь и другие). 2
• Замор рыбы. 5 В начале 1970-х годов в пробах воды были обнаружены железо, медь, нефтепродукты и синтетические поверхностно-активные вещества. 5
• Цветение воды. 15 Попадание в водоём неочищенных сточных вод в сочетании с жарой приводит к развитию вредной микрофлоры и появлению водной растительности, что вызывает «цветение» воды, особенно в местах мелководья. 5