Некоторые экологические проблемы, которые возникают в Таганрогском заливе из-за изменения солёности воды:

• Сокращение популяций некоторых видов рыб. 45 Повышение солёности способствует гибели рыб, живущих в воде с низкой солёностью, например тарани, леща. 5
• Появление непривычных обитателей. 1 Вместе с солёной водой из Чёрного моря в залив приходят обитатели, которые отбирают корм у местных рыб, например рыба-игла и скаты. 12
• Неприятный запах воды. 1 Цветущие сине-зелёные водоросли с течением попадают в залив и погибают при столкновении с «солёной стеной». 1 Из-за этого в воздух поднимается специфический запах, а рыба приобретает неприятный вкус. 1
• Влияние на донные организмы. 4 Могут меняться количественные характеристики донных организмов, доступ к пище для рыб, а также количество раковинного материала, который будет осаждаться на дне. 4
• Проникновение солёной воды в водозаборы. 4 Во время сильных нагонов западного ветра солёная вода может проникать в дельту Дона и попадать в водозаборы крупных городов — Азова и Таганрога. 4