Некоторые экологические проблемы, которые возникают в связи с использованием вод Шатт-эль-Араб:

• Загрязнение тяжёлыми металлами. 1 В пробах воды, отобранных на станции на реке, зафиксировано превышение по катионам №2+ и РЬ2+ более чем в 200 раз. 1 Это следствие отсутствия должного надзора за предприятиями, осуществляющими бесконтрольный сброс сточных вод в природную гидросферу, и неудовлетворительного состояния городских очистных сооружений. 1
• Повышение уровня соли в реке. 3 Содержание соли возрастает до 8 000 частей на миллион, тогда как не должно превышать 2 500 частей на миллион частей воды. 3 Кроме вреда для сельского хозяйства, соль разъедает коммуникации и губит рыбное хозяйство. 3
• Биологические инвазии. 24 В регионе широко распространены чужеродные виды с высокой инвазивностью. 24 Зарегулирование речного стока и изменения климата оказывают негативное воздействие на нативную фауну, что способствует вторжению в водную систему чужеродных видов из прилегающих районов. 4