Некоторые экологические проблемы Новосибирского водохранилища:

• Размывание берегов. 23 Основная причина — воздействие ветровых волн и дефицит рыхлого материала (песка, наносов) в береговой зоне. 3
• Ухудшение качества воды. 2 На это влияют, например, загрязнение воды весной, природные аномалии и антропологическое воздействие: транспорт, замусоривание прибрежной зоны, сток воды. 2
• Захламлённые берега. 2 Они влияют на затруднение рекреации участка и ухудшают качество воды. 2
• Плавающие стволы деревьев (топляк) и более мелкий древесный хлам. 3 За последние два года с акватории водохранилища общей площадью 470 га специалистами управления было вывезено более 10 тыс. кубометров древесного хлама. 3
• Маловодные периоды. 4 Экологическими последствиями этого явления могут стать заиливание дна водохранилища, загрязнение воды фенолом, который выделяется при гниении древесины, в значительном количестве покрывающей ложе водохранилища. 4