Некоторые экологические проблемы, связанные с распространением водных грибов:

• Ухудшение качества воды. 4 Образование массовых колоний водных грибов может привести к ухудшению качества вод. 4
• Заражение других организмов. 13 Некоторые грибы являются паразитами и могут вызывать заболевания у водных животных, например рыб. 1
• Влияние на человека. 1 Некоторые грибы способны менять вкус и запах воды, а также вызывать болезни человека. 1
• Конкуренция с бактериями. 1 Грибы используют для питания легкоразлагаемые субстраты и растворённую органику, поэтому они конкурируют с водными бактериями. 3
• Загрязнение водоёмов. 1 Некоторые грибы приурочены к водам, сильно загрязнённым органикой и тяжёлыми металлами. 35

При этом водные грибы также играют важную роль в экосистеме, например, участвуют в самоочищении водоёмов и биоконтроле численности вредных организмов. 13