Некоторые экологические проблемы, связанные с Краснодарским водохранилищем:

• Деградация почв. 14 В зоне водохранилища продолжается процесс деградации почв на более чем 17 тыс. га, снижается содержание гумуса. 14
• Подъём грунтовых вод. 14 Изменение режима влажности и качества грунтовых вод оказывает разрушительное влияние на фундаменты жилых домов и хозяйственных построек. 1
• Загрязнение воды. 34 Краснодарское водохранилище является накопителем тяжёлых металлов, нефтепродуктов, фенолов, пестицидов и азотных соединений. 34
• Обмеление. 2 При снижении уровня водохранилища повышается концентрация биогенных веществ в воде, что может приводить к гибели рыбы и ухудшению качества воды. 2
• Цветение воды. 2 При уменьшении уровня вода быстрее прогревается, что вызывает цветение сине-зелёных водорослей. 2 Эти водоросли при разложении могут выделять токсины, что опасно для животных и человека. 2
• Угроза затопления. 4 Расположенное в зоне с активным сейсмическим режимом водохранилище представляет угрозу затопления населённых пунктов, расположенных ниже плотины. 4