Некоторые экологические проблемы, связанные с агрофитоценозами:

• Потеря устойчивости. 1 Это может происходить из-за экстремальных метеоусловий, загрязнённости атмосферного воздуха, выпадения кислотных осадков, неблагоприятных свойств и режимов почвы. 1
• Массовые поражения посевов вредителями и болезнями. 1 Растения, произрастающие в неподходящих условиях, подвержены различным болезням и нападению вредителей. 1
• Деградация почвы. 13 Например, из-за эрозии, закисления почв, снижения содержания гумуса. 3
• Загрязнение водоисточников. 1 Осушение, распашка и расчистка пойменных пространств могут приводить к сносу почвенных частиц в реки, что способствует их быстрому заилению и обмелению. 3
• Снижение биологического разнообразия. 4 Объектами культивирования обычно служат один или несколько видов растений (монокультуры), что способствует обеднению таксономического состава животных, грибов, бактерий. 4