Некоторые экологические проблемы, которые существуют в дельте Лены:

• Увеличение мутности воды. 1 Содержание взвешенных наносов в дельте реки растёт из-за разрушения водосборов, берегов и русел. 1 Это может влиять на экологическое состояние прибрежной морской акватории. 1
• Размывы мерзлотных дельтовых берегов. 1 Они приводят к выносу в море Лаптевых дополнительного материала, обогащённого органическим веществом. 1
• Развитие устьевых баров. 1 Это происходит из-за увеличения содержания взвеси и может влиять на судоходство. 1
• Сокращение мест обитания рыб. 1 Возрастание мутности выше определённых значений может привести к сокращению мест обитания крупнейших нагульных стад рыб, мест формирования нерестовых стад, а также мест зимовки и концентрации ценных пород рыб. 1
• Загрязнение нефтепродуктами. 4 Это происходит из-за расположения нефтебаз и складов ГСМ, которые при весеннем половодье периодически подтапливаются. 4
• Влияние приливов. 3 Смешивание речных и солёных вод во время прилива может быть источником органического загрязнения. 3

На экологию Лены также влияют заготовка леса, разработка месторождений золота, сброс сточных вод с населённых пунктов, расположенных на берегах реки, и движение речного транспорта. 5