Некоторые экологические проблемы, которые упоминались в контексте прибрежных районов залива Сан-Франциско:

• Загрязнение воздуха. 1 Качество воздуха может ухудшаться, в частности, во время сезона лесных пожаров (сентябрь–ноябрь). 1 Дым от региональных пожаров может приводить к опасным всплескам уровней загрязняющих веществ. 1 Также близлежащие нефтеперерабатывающие заводы в Восточном заливе (например, Ричмонд) могут способствовать региональным проблемам с качеством воздуха. 1
• Цветение водорослей. 24 В 2022 году сообщалось о массовом вымирании рыб и других водных обитателей в озере Мерритт, расположенном на берегу залива Сан-Франциско. 2 Причиной мора стали микроводоросли вида Heterosigma akashiwo, которые поглощают кислород и выделяют сильные токсины. 2
• Загрязнение от промышленных отходов. 3 В районе залива существовали свалки, где утилизировали тысячи тонн промышленных отходов. 3 Например, на территории бывшего химического завода в Ричмонде обнаружили повышенную радиоактивность, опасные уровни тяжёлых металлов и запрещённый пестицид ДДТ. 3