Некоторые экологические проблемы в бассейне реки Иртыш:

• Загрязнение вод. 34 В 2023 году было зафиксировано 226 случаев высокого и экстремально высокого загрязнения воды в реке, включая превышение норм содержания марганца, железа, азота, нефтепродуктов и ртути. 4
• Забор воды Китаем на промышленные цели и для ирригационных систем. 1 Это может привести к ухудшению самоочищающей способности озера Зайсан и Бухтарминского водохранилища, поскольку из Китая в реку Иртыш поступает уже загрязнённая вода. 1
• Резкие сезонные колебания стока. 2 Остаются риски маловодья, что неоднозначно сказывается на водообеспечении южных сельскохозяйственных районов Омской области и её центра — города-миллионника Омска, для которых водные ресурсы Иртыша являются практически единственным источником водоснабжения. 2
• Наличие фрагментов корпусов и частей бесхозяйных судов на береговой линии. 5 Они являются источниками загрязнения водного объекта солями металлов и приводят к заиливанию отдельных участков реки. 5