Некоторые экологические проблемы, которые существуют на территории Голубых озёр Казани:

• Зарастание водорослями. 12 Из-за высокой рекреационной нагрузки дно озёр активно покрывается нитчатыми водорослями, что приводит к угнетению редких представителей флоры. 2
• Загрязнение воды. 45 При купаниях в воду попадают биогенные загрязнения — пот и мочевина, а также различные ПАВ и химикаты. 4 Кроме того, в озёра спускается загрязнённая вода из походных бань. 4
• Механические повреждения дна. 1 Неопытные аквалангисты могут повреждать хрупкие стенки подводных пещер, которые питают озеро. 1
• Разрушение берегов. 13 Подземные воды бьют сильным напором и вымывают берега водоёмов. 3 Из-за этого Большое голубое озеро может однажды слиться с рекой. 3
• Влияние автомобилей. 15 Стоянка и проезд машин приводят к загрязнению озера и берега нефтепродуктами, тяжёлыми металлами и другими веществами. 5
• Использование костров и мангалов. 5 Это приводит к загрязнению берега и воды сажей и взвешенными веществами. 5

Основная причина изменений на Голубых озёрах — возросшая антропогенная нагрузка. 5