Некоторые экологические проблемы в бассейне реки Сусуя:

• Загрязнение воды. 24 Река протекает в пределах крупных населённых пунктов, что приводит к повышенной степени загрязнённости. 4 На состав воды влияют сточные воды различных объектов, несанкционированные свалки, сбросы отходов с рыбообрабатывающих предприятий. 2
• Снижение качества воды. 1 По направлению вниз по течению реки отмечается уменьшение концентрации растворённого кислорода, рост показателей концентрации биогенных веществ, нефтепродуктов и фенолов. 1
• Уничтожение нерестилищ. 13 В верховьях Сусуи есть препятствия, которые отрезают нерестилища, например водослив и плотины. 1
• Загрязнение русла. 1 Например, после извержения Южно-Сахалинского грязевого вулкана в долину Алата, правого притока Сусуи, сполз огромный язык глины, и теперь муть постоянно поступает в Сусую и загрязняет всё русло вниз по течению. 1
• Засорение русла. 3 Бытовой хлам засоряет русло реки при очистке берегов. 3
• Проблемы в бухте Лососей. 3 Здесь собирают спизулу сахалинскую, которая является фильтратором и аккумулирует опасные для здоровья человека химические вещества. 3