Некоторые экологические проблемы в бассейне реки Аргунь:

• Загрязнение воды. 24 Из года в год вода в реке характеризуется как «грязная», фиксируются случаи экстремально высокого загрязнения по содержанию растворённого кислорода, марганца, меди, нитритного азота, ртути. 2
• Наводнения. 2 Хотя они не причиняют значительного ущерба в связи с малой освоенностью территории, тем не менее могут быть катастрофическими для отдельных поселений. 2
• Ширина поймы, превышающая ширину русла. 2 В условиях сплошного крепления правого берега это может привести к смещению российско-китайской границы в сторону российской территории. 2
• Сокращение стока реки. 2 В результате водохозяйственных мероприятий в КНР наблюдается значительное сокращение стока Аргуни, что приводит к ряду негативных последствий. 2
• Деградация растительности поймы. 3 В связи с многолетним засушливым периодом и уменьшением уровня воды в Аргуни наблюдается аридизация растительности поймы. 3
• Эрозия почв. 3 Она связана с перевыпасом, распашкой, добычей полезных ископаемых и развитием инфраструктуры (дорог, поселений). 3
• Изменения в составе ихтиофауны. 5 Отмечается уменьшение численности ценных видов рыб, наблюдаются процессы саморасселения рыб, появление новых видов, которые ранее здесь отсутствовали. 5